Algumas ideias:
Câmera lenta
Tente executar um gravador de tela (ex: 'Gravador de Etapas' ou 'CamStudio' incorporado) durante o tempo que o comando é executado. Depois de concluído, você pode percorrer o vídeo para analisar os resultados.
Atividade de processo
Use os utilitários Sysinternals ProcMon ou ProcExp para revisar qualquer cmd.exe
Log de eventos
Use o Visualizador de Eventos do Windows para visualizar os logs do sistema e do aplicativo no momento em que o comando é executado.
Modificações do sistema de arquivos
Faça uma pesquisa em todo o sistema por arquivos modificados no último minuto, imediatamente após a execução do comando.