Eu não sei sobre qualquer aplicativo específico que faça isso para você, mas você pode usar o Yahoo Pipes para fazer isso para voce. Você pode criar seu próprio canal que filtra itens duplicados em um determinado feed RSS e, em seguida, apontar seu leitor de RSS preferencial para o feed recém-gerado do Yahoo.
Eu tenho usado essa técnica por um bom tempo você amalgamar todos os feeds de notícias separados da BBC. Você pode ver e clonar o pipe que eu criei aqui . Ou o muito mais simples que apenas faz a desduplicação aqui .