Você pode digitar como root:
nice du / -ms | sort -rn > report-usage-20130429.txt
Witch fornece uma listagem de todos os diretórios e uso em MBytes classificados como reversos. Se você comparar a lista do dia seguinte com essa, talvez consiga detectar onde o espaço está indo. Pode ser aconselhado a ativar um script que todos os dias envia e envia por e-mail com um relatório de uso para que você não consiga acompanhar o problema. Você também pode instalar os nagios para informá-lo quando o espaço está ficando crítico.