Unison é uma ferramenta de código aberto bem estabelecida para isso. Ele tem binários pré-compilados para Linux, Windows nativo e Cygwin.
Existe alguma maneira de fazer cópias diferenciais de um diretório do Windows para o Linux sobre ssh, sftp, scp ou similar? De preferência não rsync, uma vez que são todos baseados em cygwin e forçá-lo a usar a convenção de caminho de arquivo / cygdrive / c / ... que é uma dor. Eu estou tentando freqüentemente enviar novo código para um Raspberry Pi e tenho usado o pscp, mas ele não permite cópias diferenciais ou excluindo diretórios / arquivos, tanto quanto eu posso dizer.