Como já respondi no grupo de discussão, é porque você configurou o "ConEmu inside" em vez de "ConEmu here".
Configure sua integração corretamente e aproveite.
Eu segui a resposta para essa pergunta: Git Bash aqui no ConEmu e tem esse problema:
Quandousoo"Git Bash Here no ConEmu", ele aparece incorporado no Windows Explorer. Se eu abri um console ConEmu anteriormente, o git bash cria uma nova aba nesse console. Eu preciso "git bash" para abrir em um novo console do Windows.
Tags conemu