Eu tive essa necessidade exata em 2007-2008. A única maneira de conseguir que os arquivos fossem impressos em ordem era usar um programa. Eu apenas procurei o programa novamente, instalei, usei e imprimi os arquivos em ordem.
O programa é chamado Print Conductor, que você pode encontrar aqui: link Uma vez lá, clique na guia download no topo e, em seguida, no link abaixo. O programa é 100% gratuito.
Depois de instalar o programa, abra-o, arraste os arquivos que deseja imprimir, clique no cabeçalho do nome do arquivo para ordená-los e, em seguida, clique no botão Iniciar no canto inferior direito.
É isso aí!
Divirta-se com isso.