Eu usei o Ubuntu para reparar muitos problemas de MBR com unidades do Windows.
Inicialize a partir de um USB com o Ubuntu instalado: link
Instalar o reparo da inicialização: link
Na tela Opções principais da GUI de reparação de inicialização está a caixa de seleção "Restaurar MBR".
Outro link, se você quiser etapas mais detalhadas: link
Em resposta ao GRUB, aqui estão os comandos para reparar sem usar o Reparo de inicialização.
No terminal:
Instale ms-sys: sudo apt-get install ms-sys
Listar unidades: sudo fdisk -l
Execute o comando MBR e substitua [unidade]: ms-sys --mbr /dev/[drive]
Por exemplo: ms-sys --mbr /dev/hda