Use ZFS
ou BTRFS
filesystems ou OpenDEDUP.
Devo notar também que você pode criar "discos" em arquivos no linux e montá-los com o dispositivo de loopback ( mount -o loop ...
); assim eles sendo virtuais.
Você pode estar melhor apenas montando um arquivo ZFS formatado; já que o ZFS é muito bonito quando se trata de desduplicação. Se você não sabe como fazer isso, veja aqui .