Instale o wmctrl usando o gerenciador de pacotes.
Em seguida, use este pequeno script para fechar todas as janelas graciosamente
for win in $(wmctrl -l | awk '{print $1}'); do
wmctrl -i -c $win
done
Adicione isto ao seu quit keybinding antes de xmonad sair.
Eu testei isso com o firefox e, quando o analisei, comecei corretamente, assim como eu mesmo fechei a janela.