Você deve adicionar a extensão do seu arquivo vagrant, por exemplo pkg, não a palavra "vagrantfile" em si!
No Notepad ++, acesse Configurações - > Configurador de estilo. Na lista de idiomas à esquerda, escolha Ruby. Abaixo disso existe um campo intitulado User ext. Escreva nele todas as extensões de arquivo, separadas por espaços, que você quer que sejam tratadas como Ruby.