Há um plug-in que você pode instalar que verifica a presença de adições de convidados e instala, se necessário, quando a caixa é provisionada: link
Para evitar que o Vagrant use o rsync, use um parâmetro de tipo vazio no config.vm.synced_folder
Aqui está o que eu uso:
config.vm.synced_folder "./", "/vagrant", id: "vagrant-root",
owner: "vagrant",
group: "www-data",
mount_options: ["dmode=775,fmode=664"],
type: ""