Você precisa remover o caractere \ n e \ r do arquivo mimetype usando o comando tr do Linux da seguinte forma:
tr -d '\ n' < mimetype > mimetype.1 tr-d '\ r' < mimetype.1 > mimetype.2 rm mimetype mimetype.1 mv mimetype.2 mimetype
E então você terá que adicionar o tipo MIME ao arquivo epub usando o seguinte comando:
zip -0Xq book.epub mimetype
Depois, você precisa adicionar os arquivos restantes aos arquivos de epub da seguinte forma:
zip -Xr9Dq book.epub * -x mimetype -x book.epub
Em seguida, basta validá-lo usando o validador de epub online, como link , e você receberá NO ERROR referente ao tipo MIME.
Espero que isso ajude você.