Isso não é específico do gnome-terminal, mas está relacionado ao seu sistema. Quando disponível, o terminal GNOME usa a "composição X.org", que permite transparência real.
Na distribuição como o Ubuntu, isso é feito ativando "Desktop Effects" e geralmente requer algum tipo de aceleração 3D.
Se você tiver desativado todos os efeitos da área de trabalho (e usando fallback Unity-2D ou GNOME3), não haverá composição disponível. Isso significa que o terminal GNOME não pode usar transparência adequada. Em seguida, faça uma transparência falsa obtendo o papel de parede de sua configuração e colocando-o como seu próprio plano de fundo interno, que pode parecer com alguma transparência, mas não é realmente um.
Solução: ative os efeitos da área de trabalho.