É possível. Você precisa de um documento mestre . Com um mestre, você pode ter vários documentos incluídos que podem ser mantidos separadamente e combinados no mestre.
Para garantir que os documentos do apêndice sejam totalmente separados, você deve configurar um conjunto separado de estilos, incluindo o título de estilos de lista (se você quiser apêndices numerados). Você também deve garantir que você redefina a numeração de página no rodapé / cabeçalho se não quiser que os números continuem do documento principal.
Não tenho certeza sobre o seu comentário no documento principal "pulando" a numeração dos apêndices. O documento principal deve parar antes do início dos apêndices e, em seguida, ele não será afetado de qualquer maneira. Como mencionado, os apêndices devem ter sua própria numeração, se você quiser, ou eles continuarão na página anterior. O documento mestre controla como os subdocumentos se encaixam.