Não é que a partição não seja inicializável (ou você não chegaria tão longe), é que o gerenciador de inicialização não está lá e a ordem do disco foi alterada. Reparo de inicialização do Windows 7 pode corrigir isso. Você também pode fazer isso no console de recuperação. (Acho que o comando é fixboot
ou bootrec /fixboot
.)
Você não pode evitar isso antecipadamente porque não é possível prever com segurança como será o layout do disco quando o dispositivo de inicialização for alterado sem alterá-lo. O processo de recomendação é consertá-lo depois que ele quebrar.
Se você digitar "BOOTMGR faltando" em seu mecanismo de pesquisa favorito, encontrará dezenas de artigos explicando como corrigir isso.