Em vez de XAMPP você pode usar LAMP (Linux Apache MySQL PHP) principalmente. Usando LAMP você também pode enfrentar este problema.
No meu caso (usando o Ubuntu 15.10), eu tinha configurado / set
post_max_size, upload_max_filesize, max_execution_time, max_input_time, memory_limit seguindo minhas necessidades usando o arquivo php.ini que está localizado em /etc/php5/apache2/php.ini
Mas ainda me deparava com esse problema. Em seguida, resolveu o problema usando
config.default.php
file, onde você pode descobrir como esta linha abaixo:
$cfg['ExecTimeLimit'] = 300;
Faça isso para
$cfg['ExecTimeLimit'] = 0;
Nota: Você pode localizar o arquivo config.default.php
através do seu terminal (Ctrl + Alt + T) por meio do comando locate config.default.php
O caminho possível é /usr/share/phpmyadmin/libraries/config.default.php
Espero que isso ajude. : -)