Para citar três ...
Mainconcept Reference suporta "watch folder" para transcodificação em segundo plano
ProCoder 3 suporta "pasta de observação"
Sorenson Squeeze 8 suporta "pasta de observação"
Este Thread em Videohelp.com também detalha um método para usar o Windows Media Encoder e um arquivo de lote de looping para poder fazê-lo.
use a more batch oriented method to convert via command line. Look at this page
http://www.microsoft.com/windows/windowsmedia/howto/articles/AutomatingEncoding.aspx
and the section "Using the Command Line Encoder Sample"
The latest version of wmcmd.vbs is at
http://forum.doom9.org/showthread.php?t=123812
What you'd do is to set up a looping batch file which
1) looks for the presence of an AVI in the folder
2) runs the command line encoder
3) moves the source file to a "completed" folder so it isn't encoded again
4) loops back to step 1
Em geral, acho que o Videohelp.com é um recurso inestimável para todas as coisas que codificam ... ou vídeos relacionados a esse assunto.