Este é um controlador fakeraid. Isso significa que, na realidade, é um controlador AHCI SAH padrão que possui bios especiais e drivers do Windows que implementam raid de software. Alterar a configuração da BIOS entre AHCI e RAID somente altera o Identificador PCI do hardware para fazer com que o Windows carregue o driver AHCI padrão ou o driver de ataque falso específico do fornecedor. O Linux reconhece o ID do PCI como um controlador AHCI e carrega o driver AHCI. Daí porque o Linux não se importa com qual dessas configurações você usa.
O pacote de software dmraid reconhece os metadados de raid que os bios de ataque falsos deixam nos discos e configura o driver raid de mapeamento de dispositivo do Linux para acessar o array de raid. Para parar isso, você precisa excluir os metadados de ataque dos discos com o utilitário raid do bios ou executando o comando dmraid com a opção -E para apagar os metadados de um determinado disco.