Acho que este artigo tem uma resposta para sua pergunta: Notifique o espaço do usuário sobre alterações de horário . Mas, por favor, note que o patch mencionado no artigo é bem recente, então você tem que checar seu vesrion de linux kenel primeiro.
Se o seu kernel não suportar o mecanismo de notificação do espaço do usuário, você poderá implementar o seguinte algoritmo (em pseudocódigo):
time = gettimeofday()
loop:
sleep 1 second
new_time = gettimeofday()
if (time_diff(new_time, time) > 2 seconds) then
alert System time has changed by an external user/process!
time = new_time
goto loop
Espero que isso ajude.