Você não pode alternar tipos de conta no Thunderbird - você só pode criar uma nova conta IMAP e remover a antiga.
As mensagens coletadas do POP3 permanecerão armazenadas em "Pastas locais", mesmo depois que a conta for excluída. A conta IMAP será mostrada como uma árvore de pastas completamente separada, com sua caixa de entrada e pastas próprias (do lado do servidor).
Em outras palavras, o Thunderbird verá duas contas completamente separadas e não tentará fazer nada com seu e-mail buscado anteriormente. Você poderá copiá-lo para o servidor IMAP manualmente, no entanto.