Muitos aplicativos seguem uma convenção não oficial de uso do Cmd-1 para a janela principal. Para todo o resto, você pode usar os atalhos personalizados disponíveis no painel Teclado das preferências do sistema para definir um atalho personalizado para qualquer ação de barra de menus, incluindo aquele normalmente no menu Janela usado para recuperar a janela principal (seu nome varia com cada aplicativo) .
Eu mesmo faço isso para cada aplicativo que não tenha uma predefinição de tecla de atalho.