A primeira coisa que eu tentaria é CHKDSK
nas janelas (execute a partir do CD de instalação, se necessário).
Se, por qualquer motivo, isso não funcionar, a melhor coisa a fazer seria reformatar a unidade e, em seguida, usar um programa como recuva para recuperar os dados. Não há risco de perder dados se você estiver fazendo isso de outro computador.