Eu sou todo sobre o uso do GIMP para tudo e amo isso. No entanto, deixe-me sugerir ImageMagick para esta tarefa. Eu tenho um arquivo chamado kids.png que é 2149x1433. Eu uso o seguinte comando encontrado em link e acabo com 6 imagens que são identificadas da seguinte forma
Comando
convert kids.png +gravity -crop 1000x1000 tiles_%d.png
Resultados
tiles_0.png PNG 1000x1000 2149x1433 + 0 + 0
tiles_1.png PNG 1000x1000 2149x1433 + 1000 + 0
tiles_2.png PNG 149x1000 2149x1433 + 2000 + 0
tiles_3.png PNG 1000x433 2149x1433 + 0 + 1000
tiles_4.png PNG 1000x433 2149x1433 + 1000 + 1000
tiles_5.png PNG 149x433 2149x1433 + 2000 + 1000
Então eu os coloco de volta com
convert tiles_[0-5].png -mosaic new.png