O maior efeito na execução, ao contrário do arranque, da velocidade (em relação aos discos) é onde as suas aplicações armazenam os dados que lêem e escrevem. Um aplicativo bem escrito deve manter seus dados (incluindo as preferências) em um local separado do próprio aplicativo (normalmente em algum lugar em sua pasta pessoal, ~/Library ou /Library ), então mover a pasta Aplicativos não deve afetar isso.
Enquanto o carregamento de um arquivo de dados pode ser mais lento do que um SSD, a maioria dos aplicativos não lê e grava grandes quantidades durante a execução, exceto quando você abre ou fecha arquivos explicitamente, embora existam exceções significativas, como vídeo edição de software. Você pode, no entanto, querer examinar os discos de trabalho que os aplicativos grandes (o Photoshop, por exemplo) usam.
Toda essa leitura e escrita degradará lentamente o SSD, no entanto. Para ser honesto, você parece estar usando um SSD da maneira oposta à maioria das pessoas - a maioria das pessoas mantém o SO e os aplicativos nele para inicialização rápida e leitura / gravação mínima, e mantém os dados em um disco rígido que pode suportar melhor quantidades de leitura e escrita.
Se você quiser melhorar as aplicações de velocidade, a sua melhor aposta é adicionar mais memória. As aplicações devem (na maior parte das vezes) carregar-se na memória durante o arranque, mas algumas delas podem ser paginadas na memória virtual. Quando essa parte é devolvida, há um atraso. Se você tem memória suficiente para evitar que seja paginada em primeiro lugar, você evita esse atraso.