Para ser honesto com você, há várias maneiras de responder a essa pergunta.
Eu trabalho em muitas conferências médicas onde eu tenho muitas apresentações com uma variedade de vídeos; muitos formatos funcionam, mas muitos não, mais notavelmente o contêiner quicktime não funciona nativamente no PowerPoint (embora possa ser obtido com um Plug-in ActiveX).
Os codecs que você instalou também desempenham um fator. No entanto, se eu tiver um problema com um vídeo, eu o converto em wmv (VC1 & wma 3) ou avi (xvid & mp3), dependendo da qualidade de bits das taxas de bits.
Em relação ao tamanho, para mim depende da resolução nativa da exibição do dispositivo que será usada, a qualidade do original e o tamanho do vídeo estarão no slide. ou seja, se eu tiver que reproduzir um vídeo em tela cheia de um projetor nativo de 1024x768, usarei esse tamanho.
Convém notar que no PowerPoint 2010 o gerenciamento de vídeo foi completamente alterado, os vídeos especificamente vinculados podem ser incorporados ao arquivo do PowerPoint (arquivos anteriormente sempre separados) e esses arquivos podem ser convertidos automaticamente pelo PowerPoint para compatibilidade e convertidos em wmv (embora não seja 100% bem sucedido).
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Também posso mencionar que uso o conversor de vídeo SUPER, já que ele possui uma interface simples (embora muitos possam achar isso confuso). Ele permite muitas possibilidades de formato e é gratuito e, até onde eu sei, as licenças L / GNU de alguns dos binários que ele usa obedecem.