Se você sabe como compilar o software a partir da fonte, não terá problemas.
Mas tem certeza de que deseja usar o BackTrack como um SO principal? a distro é feita para testes de penetração, então você encontrará Lotes e Lotes de software que você pode não precisar.
Gostaria de sugerir manter o Ubuntu como um sistema operacional primário e adicionar as ferramentas que você considera úteis no BackTrack para o Ubuntu, que seria mais fácil e você encontrará quase tudo compilado e pronto nos repositórios do Ubuntu, enquanto os repositores do BackTrack ainda são pequeno comparado ao do Ubuntu.