Há algum tempo, eu estava procurando exatamente isso.
Acabei com o MPEG Streamclip . Livre, roda em Macs e Windows, e tem um grande número de recursos para cortar e converter vídeos (se você souber onde encontrá-los na interface do usuário um pouco desajeitada).
O Quicktime Pro também pode fazê-lo, mas isso não é gratuito.