Eu estava preso em uma situação semelhante ... Esses dois artigos podem ajudá-lo: -
Como faço para mover o Windows 7 Boot Files (bootmgr, ...) para uma unidade diferente?
Basicamente, para mim, o gerenciador de inicialização do Windows 7 ficou preso na unidade com o Windows XP (ouvi o Windows 7 sempre instalar isso na primeira unidade encontrada durante a inicialização). Segui as etapas dos dois artigos acima e consegui movê-lo para a unidade com o Windows 7. Removi a unidade do Windows XP e o Windows 7 conseguiu inicializá-la sozinho.E também recomendo que você faça backup de tudo antes de tentar qualquer coisa. =)