Aplica-se a toda a árvore na raiz do documento, a menos que alguma subárvore também tenha uma tag <Directory>
definida para ela. Por exemplo, se você tivesse:
/
/foo
/bar
E você disse:
<Directory />
AllowOverride None
</Directory>
<Directory /foo>
AllowOverride Indexes
</Directory>
Em seguida, /foo
permitiria que um .htaccess definisse a indexação de diretório, mas /bar
não.