Sim, é possível. No topo do seu chapterX.tex, inclua a seguinte linha:
%!TEX root = main.tex
em que main.tex
é o arquivo principal que possui a linha \input{chapterX.tex}
. Quando você abrir o chapterX.tex, ele também abrirá main.tex. Quando você clica em Typeset no chapterX.tex, o foco mudará para main.tex e ele executará latex nesse arquivo.