Você deve ser capaz de interromper essas ações pelo Reader. Nas preferências do Reader:
Internet / Uncheck [] Exibir PDF no navegador usando.
Em seguida, no Finder, obtenha informações em qualquer PDF, selecione "sempre abrir usando" e escolha Visualizar. Verifique se aplicam a todas as opções. Na próxima vez que você abrir o leitor, ele perguntará se você deseja associar PDFs ao leitor. Marque [X] Não aparecer novamente e selecione "não"
Se você já tentou isso antes e não funcionou, pode valer a pena despejar o arquivo .plist do leitor de ~ / Library / Preferences