O Subversion tem um realmente histórico ruim com desempenho, especialmente no Windows. O problema é com as suposições de que todas as operações do sistema de arquivos são rápidas. E assim eles vão em frente tocando alguns milhares de arquivos antes de uma atualização, tocando-os novamente após uma atualização. E genericamente todos os arquivos baixados resultarão em pelo menos uma gravação e uma renomeação.
O problema é que o NTFS não é tão rápido em tocar alguns milhares de arquivos (nem mesmo em um SSD; eu posso ver isso aqui ;-)) de uma vez, então isso meio que quebra. Provavelmente não há muito que você possa fazer, mas, para comparação, você pode ver o quão rápido é no Linux ou outro tipo de Unix.