Se você estiver usando o Windows, dê uma olhada no Painel de Controle, Ferramentas Administrativas, Gerenciamento do Computador, Armazenamento, Gerenciamento de Disco (no XP, pelo menos) Isso deve listar suas unidades e como elas são particionadas. Pode ser o caso de haver algum armazenamento não alocado.
Você também pode jogar com o Mestre de Partições EASUS (a edição caseira é gratuita)