O problema da poeira pode ser a única preocupação para fazer isso, mas como você disse é evitável. Eu regularmente faço isso com meus laptops se eles estão rodando e não os estou usando.
A única coisa que você não quer fazer é girar o laptop enquanto ele estiver rodando SE tiver um disco rígido mecânico. O impulso dos discos giratórios pode fazer com que as cabeças atinjam o disco se você estiver movendo-o muito rapidamente. Eu imagino que isso não seja uma preocupação para você já que você disse que é basicamente usado como desktop.