Você pode usar:
gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-left disabled
gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-right disabled
gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-up disabled
gsettings set org.mate.Marco.global-keybindings switch-to-workspace-down disabled
Os nomes dessas (e muitas outras) configurações podem ser encontradas aqui (de alguma forma ilegível): link . O comando para alterar atalhos é descrito muito em breve no link .