Notificações de presença são o modo como outros usuários veem seu status (por exemplo, on-line, off-line, ausente) usando o protocolo XMPP / Jabber. O comportamento do Pidgin (cancelando apenas a notificação de presença para o usuário selecionado) parece fazer sentido. Da mesma forma, a opção Cancelar inscrição no mesmo menu impedirá que você veja seu status.
No entanto, como você marcou essa pergunta com o Ubuntu, pode estar falando sobre as notificações que aparecem quando os usuários se conectam, desconectam ou enviam mensagens para você. Essas notificações são controladas através do plugin Libnotify Popups. Para alterar essas configurações, vá para Ferramentas > Plug-ins, destaque Libnotify Popups e clique em Configurar Plug-in. Essas configurações devem persistir.