Claro que você pode! Basta chamar um script de outro usando o comando source
. Por exemplo, o seu .bashrc pode ser:
.bashrc
#!/bin/bash
source cleanproject.sh
source checkin.sh
cleanproject.sh
#!/bin/bash
alias mousepos='$TBRANCH/mousepos.py'
alias xdo='/tmp/xdotool_script.txt'
checkin.sh
#!/bin/bash
cloner() { $PYCOMPLETE/git_cloner.py "$@" ;}