O cabeçalho Version é puramente informativo; Meu palpite é que ele está incluído para facilitar a descoberta de erros de compatibilidade (por exemplo, se um cliente não conseguir descriptografar 10 mensagens e todos os 10 forem criados pela mesma versão).
A mensagem de erro que você está vendo, no entanto, não é causada pela falta de Version , mas pela falta de linha vazia separando cabeçalhos e corpo. De acordo com a sintaxe das mensagens blindadas do OpenPGP, mesmo se você tiver zero cabeçalhos, ainda precisará do separador para que os analisadores saibam que hQIMAxfkjOs8... é de fato o corpo e não apenas um cabeçalho estranho.