Como você não quer usar o RDS (embora seja a ferramenta mais apropriada para transmissões de FM, mas é claro que não se adaptaria a outros métodos de transmissão), você pode usar técnicas estabelecidas para marca d'água em áudio . Há uma marca d'água de espectro espalhado (SSW), que é muito robusta.
Pesquise também por " audio steganography " e " steganography de áudio em tempo real ". Há um artigo potencialmente informativo aqui que cobre um número de técnicas em tempo real, embora você tenha que pesquisar ao redor para encontrar uma cópia dele.
Há também steghide , que é uma ferramenta de linha de comando de código aberto (GPL). Você pode adaptar o algoritmo para detecção em streams, embora eu não saiba qual algoritmo usa e suspeito que ele não sobreviverá à viagem.
Muitos algoritmos de marca d'água de imagem poderiam, teoricamente, ser adaptados para o áudio, embora possam ser mais óbvios em formato de áudio do que em forma de imagem.
Muitos algoritmos simples operam em dados digitais e assumem pouca ou nenhuma perda; Portanto, se você encontrar um, terá que testar para ver se os dados codificados sobrevivem a uma viagem através de equipamentos de processamento de áudio, um transmissor, ar e um receptor. Algoritmos como a marca d'água de espalhamento espectral são a melhor aposta para sobreviver a todos os abusos. Comece com as pesquisas do Google para este e isso e relacionado.
Existe uma biblioteca aqui (via link também; pode valer a pena dar uma olhada.
Existe uma coleção de código-fonte para vários algoritmos de marca d'água aqui (presumivelmente incluindo SSW). Pode ser voltado para imagens.
Há um artigo especificamente sobre SSW em dados de áudio, Marca d'água de sinais de áudio de espalhamento de espectro .
Há um artigo relacionado do IEEE, Incorporação de dados em sinais de áudio .
Edit: Desculpe, estou acostumado a conversar com programadores, só percebi que você estava procurando ferramentas para fazer isso.
Existe uma ferramenta de marca d'água de áudio SSW da Microsoft. Eu não tenho ideia do que é capaz, mas provavelmente vale a pena conferir. Consulte também esta pesquisa .
Ainda assim, use alguns dos artigos e termos de pesquisa listados acima como pontos de partida para encontrar ferramentas. Analisei um pouco as soluções baseadas em hardware, mas não consegui encontrar nenhuma após uma pesquisa superficial. Pode haver algo.