O comando a seguir parece fazer a coisa:
mkvmerge -o "merged.mkv" -D ( "first.mkv" ) -A -S -T -M -B --no-chapters ( "second.mkv" )
Leva tudo, exceto o vídeo ( -D ) do first.mkv e somente vídeo ( -A -S -T -M -B desativa áudio, legendas, tags, anexos e botões) de second.mkv .