Depois de instalar um novo gerenciador de janelas (como o i3), você precisa efetuar logout e alterar as configurações na sua tela de login para corresponder ao novo ambiente / gerenciador. Eu não usei o Fedora, mas suponho que há um pequeno botão no canto superior direito (da tela de login) onde você pode escolher o ambiente de desktop / gerenciador de janelas a ser usado.
i3 é o meu WM de escolha e se tiver mais alguma questão, não hesite em perguntar!