Parte do problema aqui é que você está tentando iniciar um aplicativo que precisa afetar a tela.
Um aplicativo iniciado com o agendador de tarefas na inicialização iniciará antes do login, mas não terá interatividade com a área de trabalho / sessão, para que você não consiga ver nada do que ele faz (particularmente um problema para o f.lux ). É também por isso que você não o vê na bandeja. Verifique o gerenciador de tarefas e você poderá vê-lo.
Pode não haver nenhuma maneira de você conseguir que isso funcione sozinho; pode ser necessário que o f.lux seja modificado, mas eu estou no celular, então é difícil para mim também pesquisá-lo agora.