A versão 13.2.4.1000 do driver da Intel Rapid Storage Technology contém um bug em que o driver parece estar tentando acessar um dispositivo que não existe.
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Ao remover o driver Intel RST e reverter para o driver StorAHCI padrão, o problema não pôde mais ser reproduzido. O problema não reapareceu ao instalar a versão 12.9.0.1001 do Intel RST.
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Como mencionado na pergunta, o problema se manifestaria como operações de enumeração de disco (como por Gerenciamento de disco) suspensas ou demorando muito para ser concluído, especialmente quando a estação de disco rígido eSATA estava conectada e depois desconectada . O LED de acesso ao HDD começava a piscar e todo o subsistema de armazenamento ficava pendente ao sair do modo de espera.
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Durante as operações de enumeração mencionadas, o Intel RST pode gerar o seguinte pop-up a partir da área de notificação, mesmo que nenhum disco SATA novo esteja conectado. Isso indica que o driver está, de alguma forma, tentando se comunicar com um "dispositivo fantasma":
Intel® Rapid Storage Technology
SATA disk on Controller 0, Port Unknown: Detected.
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Resumindo, não atualize o driver Intel RST para 13.2.4.1000!