O XP mostra o disco como 745 GB tem a ver com os limites do particionamento MBR (o XP não suporta particionamento GPT). Com o particionamento MBR você pode ter apenas 2 ^ 32 blocos de 512 bytes cada; isto é cerca de 2 TB, daí o limite de 2 TB.
Pior: Mesmo antes de serem criadas quaisquer entradas na tabela de partições, a capacidade da unidade de 3 TB é reportada pela unidade como blocos 0x15D3EF798 (de 512 bytes cada). Observe que esse número tem 33 bits de largura. O XP ignora o 33º bit (o "1" após "0x"), deixando-o com 0x5D3EF798 blocos = 1,564,407,704 (decimal) blocos = 800,976,744,448 bytes.
XP relata isso como cerca de 745 GB (já que o XP reporta capacidade de disco em "gigabytes binários", onde um "GB" = 1.073.741.824 bytes - eles deveriam estar dizendo "GiB", mas essa é apenas minha opinião pessoal).
Assim, no que diz respeito ao XP, quaisquer entradas da tabela de partições que vão além desse ponto (como a terceira na saída do parted) não podem estar corretas, já que elas descrevem locais na unidade que não existem.
A extensão completa do que o gparted fez para o disco não está clara para mim, mas a saída testdisk mostra uma tabela de partição que só pode ser descrita como "corrompida", dadas as partições que você pensou estar criando. Não apenas existem aparentemente muitas partições, mas muitas das entradas aparentemente se sobrepõem umas às outras.
Is it possible that creating the additional partitions was the reason for Windows to not boot any more?
Sim.
Is it because I’ve created them with gparted in Linux - could that damage the boot information on the first sectors?
Sim.
If I convert the 2 partitions back to “unallocated space” (as they were before), is there a significant chance to make Windows boot again?
Talvez. Eu não acho que você tenha muito a perder neste momento.
(I have 500 GB data on the 4th partition, to it will take some time to move them to another disk and my first attempt of copying the image failed, so I'd like to know if it makes sense to remove those partitions again)
Acho melhor que você mova esses dados para outro disco.
How much of the disk can I use in Windows XP Prof. 32bit?
Eu não usaria isso no XP. Eu tentaria encontrar um bom disco seguro de 2 TB. Se você deve usar este, fique com os primeiros 745 GB (como informado pelo XP) e você deve estar bem.
Is there a way to use the rest of the disk in Linux but let Windows ignore it?
Eu duvido. Para usá-lo no XP, é necessário usar o particionamento MBR, e as entradas da tabela de partições MBR com LBAs acima de 745 GB ou mais (ou seja, "usando o restante do disco") provavelmente estão causando o problema.
Você pode usá-lo como um disco de dados (segundo disco) no Windows Vista ou posterior ... ou em um disco do sistema operacional se a sua máquina tiver firmware UEFI.