Como você usa o LaTeX, o pacote texlive-latex-extra no Ubuntu contém o executável pdfannotextractor que pode extrair comentários para você. Isso usa libpdfbox-java que você também precisará instalar.
Outra opção é instalar o python-poppler e usar esse script Python de uma questão semelhante ao stackoverflow (veja a resposta de Enno Gröper): Analisar anotações de um pdf