Como você usa o LaTeX, o pacote texlive-latex-extra
no Ubuntu contém o executável pdfannotextractor
que pode extrair comentários para você. Isso usa libpdfbox-java
que você também precisará instalar.
Outra opção é instalar o python-poppler
e usar esse script Python de uma questão semelhante ao stackoverflow (veja a resposta de Enno Gröper): Analisar anotações de um pdf