O problema pode ser que o vídeo está tentando cortar com base apenas em quadros-chave e não em quadros intermediários, e seu tempo inicial de 00:36:18
está alguns segundos à frente de um quadro-chave. A solução deve ser usar a opção -copyinkf
que é descrita no manual como :
When doing stream copy, copy also non-key frames found at the beginning.
Então, o seu comando que se parece com isso:
ffmpeg -i input.mp4 -vcodec copy -acodec copy -ss 00:36:18 -to 00:39:50 output.mp4
Em seguida, precisaria ser ajustado para ficar assim com -copyinkf
misturado:
ffmpeg -i input.mp4 -vcodec copy -acodec copy -copyinkf -ss 00:36:18 -to 00:39:50 output.mp4