Como fiz o upgrade para o Windows 10, nenhuma das minhas extensões do Chrome está exibindo pop-ups quando seus ícones são clicados e, às vezes, um pequeno canto do pop-up é exibido. Eu descobri que quando a janela está na minha tela principal que os popups funcionam bem (eu tenho uma configuração de 3 monitor).
Eu já experimentei muitas versões do Chrome e do Canary do Chrome, 32 e 64 bits e todos têm esse problema. Eu também tentei mudar várias bandeiras relacionadas à GPU, mas também não tive sorte com isso.
Minha placa de vídeo é uma GTX590 e como esta é uma placa dual GPU, isso pode explicar porque os popups são vistos apenas no monitor conectado à GPU A e não nos outros.
Não é uma solução, mas uma solução alternativa: Entre nas configurações avançadas e desmarque "Usar aceleração de hardware quando disponível"
Eu encontrei o mesmo problema. Não tenho certeza se isso é causado por um problema no driver da GPU do NVidia, problema de configuração do SLI, segundo problema do driver do Monitor ou um problema do Chrome.
Eu vi esse problema no Chrome estável - 49.0.2623.87 (e muitas versões anteriores). Desacelerar aceleração de hardware faz o truque. No entanto eu uso também o Chrome Canary (51.0.2679.4) e lá eu tenho aceleração de hardware habilitado e em ambas as telas aparecem pop-ups corretamente. Espero que a equipe do Chrome tenha corrigido esse problema.