Eu acho que você poderia usar o gerenciador de tarefas.
Mas isso parece ser a coisa do aero peak.
Tente ver se ocorre no modo de segurança.
Agora, desde que você comentou que ele não funciona no modo de segurança, copie o nome de todos os processos (VERIFIQUE SEU NÃO ESTÁ FUNCIONANDO) e coloque-os em um arquivo.
Reinicialize no modo de segurança e comece a abrir esses processos 1 por 1. Você deve atingir um ponto em que a janela invisível aparece. Certifique-se de tomar conhecimento de cada processo iniciado e cruze-o. Quando isso acontecer, anote o processo iniciado e abra o local do arquivo. (Clique com o botão direito do mouse no processo quando ele estiver selecionado e, em seguida, clique em open file location
.) Exclua esse arquivo ou encontre uma maneira de impedi-lo de inicializar e reinicialize. Se tudo correr bem, então não aparecerá.
NOTA:
NÃO exclua o EXPLORER.EXE