Você pode fazer isso com xdotool . Basta criar um novo atalho com o comando xdotool key --clearmodifiers XF86AudioRaiseVolume para aumentar ou xdotool key --clearmodifiers XF86AudioLowerVolume para diminuir.
Instruções passo a passo:
1) Instale xdotool .
2) Abra o gerenciador de atalhos (no 11.10 e posterior: Alt + F2 e cole gnome-control-center keyboard )
3) Escolha a aba "Atalhos"
4) Escolha "atalhos personalizados"
5) Clique em "+" como nesta foto:
6) Em "Name:" cole vol .
7) Em "Comando:" cole xdotool key --clearmodifiers XF86AudioLowerVolume :
8) Feche a caixa de diálogo.
9) Clique em "Disabled" e faça seu atalho.
10) Aproveite; -)