Você deve poder apenas executar o seguinte para atualizar sua distribuição R.
yum update R
Mais detalhes são necessários se você tiver problemas adicionais. Ou tente remover todos os componentes R separadamente, como observado por @TARehman.
Nota - tudo isso pressupõe que você não precisa de sudo
privileges, caso contrário, você precisará fazer algumas solicitações administrativas se não for o proprietário da máquina.